🎨 nature-figure-skill
浏览器里的论文配图工作室 —— 模板拖拽即用，Agent 工作流兜底
两条路，同一个终点：投稿级配图。 不想写代码？用 FigureForge 可视化编辑器：22 个出版级模板、16 组精选色卡，像 PPT 一样拖到位。 想全自动化？让 Agent 跑 nature-figure 工作流：图表契约 → 单后端绘制 → 独立导出，Python / R 双修。
✨ 模板长这样（真实渲染）
下面每张图都是 FigureForge 内置模板的真实输出——不是效果图：选骨架、改数据、一键导出 SVG / PNG / TIFF / PDF / PPTX。
进阶图形——组学、队列与项目管理级别的复杂图型，同样开箱即用：
生物信息图鉴——簇状点阵热图、相关性矩阵、环形热图、Mantel 检验、GSEA、PCA 置信椭圆、边际密度散点等生信高频图型，NPG 风格配色：
进阶图鉴（新增）——OncoPrint、瀑布图、冲积图、山脊图、Bland-Altman 一致性、免疫组成堆叠面积、森林图、曼哈顿图，8 个临床与组学高频图型：
高阶图鉴（新增）——弦图、UpSet、网络图、三元相图、聚类热图、矩形树图、旭日图、六边形密度、平行坐标，9 个高阶构图：
Ultra 图鉴（新增）——Circos 环状图、QQ 图、KM 生存曲线+风险表、雨云图、GO 棒棒糖图、维恩图、甘特图、放射状树状图、测序覆盖度轨道：
Max 图鉴（新增）——散点矩阵、MA 图、通路点图、圆填充、排名凹凸图、二维等高线密度、哑铃图、发散堆叠条、日历热图：
Nova 图鉴（新增）——桑基流、圆环相关图、马赛克图、PCA 双标图、人口金字塔、环形热图、双轴组合图、伪 3D 响应面、ECDF+KS 检验：
Apex 图鉴（新增）——漏斗图、Taylor 图、弧线图、冰柱图、蜂群图、周期图、地平线图、子弹图、华夫图：
🧪 FigureForge — 不写代码的出图方式
在线打开（无需安装）：jing1312.github.io/nature-figure-skill/figureforge/
核心能力
- 无限画布（VibePaper 式工作区）：一句话生成图表上画布；图表 / 图片 / 便签 / 文本四类节点卡片自由排列，拖动端口建立参考连线；素材广场内置 9 套图鉴 83 面板随取随用；双击卡片进编辑器精修，改完自动写回。
- 22 个出版级模板：柱状图（superplot 原始点叠加）、聚类热图（行列树状图 + 发散色阶）、火山图、森林图、KM 生存曲线、小提琴图、箱线图、多面板综合图……全部按投稿标准预置误差棒、显著性括号、置信带与图例位置。
- 16 组精选色卡：Tableau 10、Tol Muted、Economist、莫兰迪、马卡龙、Candy 粉蓝绿黄紫、Berry 蓝紫粉同族等；系列联动改色——改一处颜色，同系列数据点、图例、色标全部同步，一次撤销整组回退。
- Figma 手感编辑：智能参考线吸附（Alt 临时关闭）、Shift+点击 / 框选多选、Ctrl+G 成组、四角手柄缩放、方向键微移、全程撤销重做；多选自动浮出对齐 / 等距分布工具条，格式刷一键复制样式，导入的外部 SVG 自动拆分为逐元素可编辑（嵌套 transform 组也精确命中）。
- 位图编辑套件：拖入或 Ctrl+V 粘贴截图即可上画布，双击裁剪、90° 旋转、镜像、亮度/对比度/饱和度调整。
- 昼夜双主题：☀ / 🌙 一键切换，全屏星空过渡动画；工作区背景 14 种可选。
- 会话自动保存：编辑实时存入浏览器，关页重开接着改；也可导出
.json项目文件。 - 多格式导出：SVG（文字可编辑）/ PNG / TIFF（含 dpi 元数据，可直接投稿）/ PDF（矢量，文字可选中）/ PPTX，分辨率 1×–4×、300/600 dpi。
与 AI 工作流的关系：FigureForge 不替代代码化出图——它覆盖前期布局设计（先定骨架再填数据）和后期微调（AI 出图后拖两下改到位）两端。
🤖 nature-figure — Agent Skill 出图工作流
把 SKILL.md 装进你的 Agent（Claude Code / Codex 等），配图就从「一次性脚本」变成「可审查的生产线」：
图表契约 → 后端门禁 → 单后端绘制 → 布局与 QA → 独立导出 → 交付清单
工作流内置三条硬规则，对应配图返工的三大重灾区：
① 独立图集导出 —— 三张图就是三张图，禁止静默拼成一张；整套图共享字体、轴措辞、颜色语义与统计精度。
def save_pub_set(fig, out_dir, stem, dpi=600):
fig.savefig(out_dir / f'{stem}.svg', bbox_inches='tight') # 主产物：可编辑
fig.savefig(out_dir / f'{stem}.pdf', bbox_inches='tight') # TrueType 嵌入
fig.savefig(out_dir / f'{stem}.tiff', dpi=dpi, bbox_inches='tight') # 印刷
plt.close(fig)② 非遮挡式标注 —— 图例、统计框一律离开数据密集区；统计条无框、比数据安静：
ax.legend(loc='center left', bbox_to_anchor=(1.02, 0.5), frameon=False, fontsize=6)
add_stat_strip(ax, 'Pearson r = 0.83, n = 46') # 内置 helper③ 语义配色 —— 颜色是科学语言：先定角色（主方法 / 对照 / 阈值 / 背景），再按显著性分色；用户给的颜色列表是「调色方向」而不是按序套用。
🚀 快速开始
浏览器（零安装）：直接打开 FigureForge 在线版，选模板开始拖。
交给 Agent：
请安装这个 Agent Skill：https://github.com/jing1312/nature-figure-skill
先审查仓库内容和 SKILL.md，再整目录安装到你当前 Agent 的 Skills 目录。
完成后告诉我实际安装路径和验证结果。手动安装（整目录复制，技能依赖 references/ 等文件）：
git clone https://github.com/jing1312/nature-figure-skill.git
cd nature-figure-skill
mkdir -p ~/.codex/skills
cp -R skills/nature-figure ~/.codex/skills/ # 主力技能，含全部扩展更多细节见 install.md。
📦 交付产物
不是「一张位图」，而是每张图一组投稿级文件：
figure-01.svg ← 主产物：文字保持可编辑，编辑部可直接改字
figure-01.pdf ← TrueType 嵌入，投稿伴生版
figure-01.tiff ← 600 dpi，满足多数期刊印刷要求
figure-01.png ← 预览/演示用🗺 Roadmap
- 22 个出版级模板 + 16 组色卡
- 昼夜主题 / 位图编辑套件 / 系列联动改色 / 撤销重做全覆盖
- 多行文本编辑（tspan 拆行）
- 矢量 PDF 导出（svg2pdf.js + jsPDF，文字保持可选中）
- 柱状图 hatch / 点纹理填充（黑白印刷友好）
- 雷达图、效应量漏斗图、甘特时间轴等新图型（已随素材广场 9 套图鉴 83 面板上线）
- FigureForge ↔ Python 管线闭环（编辑器 SVG →
save_pub_set一键补齐 PDF/TIFF） - 期刊规格预设：89 / 183 mm 栏宽检查、字号下限检查
- 色觉无障碍模拟预览
- GitHub Actions：模板 XML 有效性 + 语法门禁
📚 随仓库附带的科研技能包
九个 nature-* 技能（点击展开）
每个 skills/nature-* 都是可独立安装的单元；安装时整目录复制。
| 技能 | 状态 | 用途 |
|---|---|---|
nature-figure | Stable | Python / R 投稿级配图工作流（本仓库扩展重点） |
nature-polishing | Stable | 学术文本润色 |
nature-writing | Draft | 稿件章节起草与重构 |
nature-citation | Beta | 文献检索与参考文献导出 |
nature-data | Draft | 数据可用性与 FAIR 元数据指引 |
nature-reader | Beta | 中英双语论文精读 |
nature-response | Beta | 逐点回复审稿意见 |
nature-paper2ppt | Beta | 中文科研论文汇报 PPT |
nature-academic-search | Beta | 多源文献检索与文献管理 |
🔍 派生透明度
与上游 Yuan1z0825/nature-skills 的关系（点击展开）
本仓库的 nature-figure 工作流在 Yuan1z0825/nature-skills（袁一哲及贡献者，MIT）基线 f3941a1 之上扩展而来；FigureForge 编辑器为本仓库原创。上游 MIT 许可与署名保留于 LICENSE 与 DERIVATIVE_NOTICE.md。
初始派生提交 11fc2b8 的文件级改动（可审计）：
| 文件 | 本地贡献 |
|---|---|
SKILL.md | 三条工作流规则：独立图集导出、标注不遮挡数据、语义角色配色 |
references/api.md | 两个出版级调色板；add_stat_strip() 无框统计条 helper |
references/common-patterns.md | 外置图例模式；Pattern 2b 独立图集导出（save_pub_set()）；语义配色细则 |
references/design-theory.md | 六步颜色角色分配工作流 |
审计可复现：
git clone https://github.com/Yuan1z0825/nature-skills && git -C nature-skills checkout f3941a1
git clone https://github.com/jing1312/nature-figure-skill && git -C nature-figure-skill checkout 11fc2b8
diff -r nature-skills/skills/nature-figure nature-figure-skill/skills/nature-figure📄 许可与致谢
- FigureForge 编辑器及本仓库的文档、模板扩展 © jing1312，按 MIT 许可发布。
nature-*技能内容衍生自 Yuan1z0825/nature-skills © Yuan Yizhe 及其贡献者，MIT 许可；原版权声明保留于LICENSE。- 欢迎提 Issue / PR；也欢迎直接用 在线编辑器 出你的下一张投稿图。